Венерин башмачок настоящий в государственном заповеднике «Шульган-Таш» встречается спорадически по крутосклонам в долинах крупных рек. Популяции обычно малочисленные. Относительно крупная популяция венерина башмачка настоящего в заповеднике находится в каньоне Каповой пещеры. С 2007 года нами проводится ежегодный учёт численности и морфометрических параметров вида. В этом году насчитали всего 216 особей, из них 134 – генеративные растения, а остальные – взрослые и молодые вегетативные особи. В последнее 7 лет резких изменений численности башмачка настоящего не наблюдаются. Но в этом году появились молодые особи, что редкое явление для этого вида, т.к. венерин башмачок настоящий преимущественно размножается вегетативно.
Венерин башмачок настоящий – редкий вид, включен в Красную книгу Российской Федерации, МСОП в Красный список редких растений в Европе, в Приложение I Бернской конвенции и Приложение II Директивы о местообитаниях, в Приложение II к Конвенции СИТЕС. В Республике Башкортостан охраняется во всех 3 заповедниках, в национальном парке «Башкирия» и в пяти природных парках и шести памятниках природы.
Этот вид орхидеи плохо переносит антропогенное воздействие в виде рубки лесов, выпаса скота, рекреации, сбора цветов на букеты, выкапывания. Интенсивные антропогенные воздействия приводят к полному уничтожению популяций. Кроме этого, башмачок развивается очень долго, период от прорастания семени до цветения длится до 15-17 лет.
