В квартале 51 заповедника, в местах исторически сложившегося паломничества к пещере Шульган-Таш (Каповой), функционирует музейно-экскурсионный комплекс (сокращённо – МЭК).
В связи неослабевающим вниманием к Каповой пещере, привлекательными ландшафтами и растущим интересом к бортевому пчеловодству заповедник с 1995 года развивает музейно-экскурсионный комплекс и инфраструктуру познавательного туризма. Ежегодный поток гостей музейно-экскурсионного комплекса, расположенного в квартале 51 вблизи знаменитой пещеры, стал превышать 40 тысяч, по этой причине применяется жесткое нормирование предельно допустимых нагрузок на природные комплексы.
На основную экологическую тропу протяженностью около 2 км 
"нанизаны" многочисленные познавательно-рекреационные объекты, главная задача которых – обеспечить по пути к пещере информационно-эмоциональную «загрузку» посетителей, понижающую желание и возможности глубоко проникать в спелеокомплекс к оригиналам очень уязвимой уникальной наскальной живописи эпохи палеолита. Обустроенный ограниченный экскурсионный маршрут в зоне переменного микроклимата в привходовой части Каповой пещеры имеет охранные решетки, ворота, настилы, трапы, видовые площадки, средства информирования, систему видеослежения и охранных датчиков, камнеуловительные сетки, оборудование мониторинга среды. Экскурсии к оригиналам наскальной живописи проводятся в исключительных случаях. Спелеокомплекс круглосуточно охраняется службой охраны заповедника, научные исследования и обустройство обеспечиваются собственными и привлеченными специалистами сторонних учреждений, работа с посетителями организуется сотрудниками отдела экологического просвещения и туризма.
Заповедник сотрудничает с рядом государственных, научно-исследовательских, научно-производственных и общественных организаций, оказывающих ему в рамках уставных задач содействие в изучении и обустройстве Каповой пещеры, разработке методов консервации и реставрации наскальной живописи.
Вблизи границ заповедником создана сеть опорных и информационно-сервисных пунктов, обустроен водный маршрут "Нугуш заповедный". Приобретают популярность медовые туры, во время которых гости участвуют в отборе эксклюзивного бортевого меда, убеждаясь в его подлинности. Совместно с администрацией и предприятиями Бурзянского района организуются яркие мероприятия событийного туризма.
Развитие экскурсионно-туристической деятельности на территории заповедника проводится в рамках действующего законодательства, программы и планы обсуждаются на Координационном совете комплексного биосферного резервата "Башкирский Урал", увязываются с действиями региональных и районных властей и предпринимательского сообщества.
