Служба охраны заповедника «Шульган-Таш» представлена 28 специалистами, в том числе 21 государственный инспектор в области охраны окружающей среды и 7 инженерно-технических работников.
В заповеднике выделено 2 участковых лесничества, 12 обходов, совмещенных с бортевыми участками, они посещаются госинспекторами на лошадях. На кордоне «Капова пещера» охрана осуществляется круглосуточно.
Круглосуточную охрану Каповой пещеры и музейно-экскурсионного комплекса обеспечивает группа госинспекторов вахтовой охраны и специалисты КПП.
В заповеднике работает оперативная группа, численностью 4 человека. Госинспектора обеспечены автомототранспортом, форменной одеждой и табельным оружием.
Отдел охраны обязан выявлять нарушения заповедного режима и иных норм природоохранного законодательства на территории заповедника. Выявляются очаги лесных и иных природных пожаров. Госинспектора обходов являются носителями уникальных навыков бортевого пчеловодства, это – древнейший народный промысел с тысячелетней историей. Все государственные инспектора являются также наблюдателями – участвуют в учетных работах, фиксируют сезонные и разовые наблюдения. Самые лучшие натуралисты составляют до 350 карточек разовых наблюдений за год. 
Государственные инспектора периодически проходят обучение методике научных наблюдений и всем необходимым в работе навыкам, в том числе технике безопасности, на регулярных занятиях технической учебы.