Отдел пчеловодства заповедника «Шульган-Таш» имеет 2 направления деятельности: бортевое и пасечное пчеловодство.
Бортевое пчеловодство обслуживают 14 бортевиков, которые работают в 2 участковых лесничествах – Нугушском и Бельском.
Главными задачами работников бортевого пчеловодства является наблюдение за состоянием пчелиных семей, ведется их учет, выявляются причины гибели семей; производится изготовление и оснащение искусственных жилищ пчел – бортей и колод; фиксируется изменения численности семей и причины гибели. Во время осенней ревизии выполняются мероприятия по утеплению гнезд и защите их от врагов и вредителей, производится отбор бортевого меда.
В заповеднике содержится 6 экспериментальных пасек аборигенных медоносных пчел в рамочных ульях, две из которых являются племенными матковыводными, четыре – товарно-репродуктивными.
Ведется работа по восстановлению и оптимизации численности пчелиных семей, их бонитирование и благоустройству пасек. Активно выполняется работа по выводу маток: выявляются материнские пчелиные семьи с высокими показателями породных признаков для искусственного вывода пчелиных маток. Создаются семьи-воспитательницы, которые используются для приема личинок и воспитания неплодных пчелиных маток. На пасеках в семьях, не соответствующих требованиям бонитировки, матки заменяются на молодых племенных. Часть полученных пчелиных маток передается местному населению по расширяющемуся радиусу.
При обнаружении заболеваний проводится профилактическое лечение подверженных болезням пчелиных семей. В течении сезона для профилактики применяются различные современные препараты.
В зимнее время техниками-пчеловодами изготавливаются ульи и ульевые рамки, они проходят обучение.
В настоящее время бортничество восстанавливается не только в Бурзянском, но и в Ишимбайском, Гафурийском, Белорецком, Мелеузовском и Кугарчинском районах Республики Башкортостан, в том числе на территории национального парка «Башкирия».
В государственном заповеднике "Шульган-Таш" в условиях бортевого и пасечного пчеловодства ежегодно содержится от 350 до 550 семей бурзянских пчел, а в Бурзянском районе их численность составляет 5 - 7 тысяч. По данным многолетних учетов, проводимых по оригинальной методике специалистами заповедника, плотность семей пчел в естественных дуплах ("дичков") колеблется от 0,1 до 3 на кв.км. В сотрудничестве с НИИ пчеловодства Россельхозакадемии и Башкирским аграрным университетом разработана и реализуется программа по селекционно-пле
менной работе и расширению ареала аборигенной популяции бурзянской пчелы, зарегистрирован породный тип «Бурзянская бортевая пчела».
Бортевое пчеловодство служит эффективным рекламным средством и способом сохранения и улучшения бурзянской пчелы, поскольку в условиях сурового уральского климата в естественных дуплах, бортях и колодах выживают наиболее выносливые и зимостойкие семьи, а слабые и метизированные значительно чаще погибают. Активное продвижение заповедником на рынке эксклюзивной продукции бортевого пчеловодства способствует значительному росту цен на нее и возвращению промысла в быт местного населения. Большинство пчеловодов Бурзянского района в результате многолетней разъяснительной работы заповедника стало осознавать пагубность стихийной метизации аборигенных пчел и постепенно подключаются к мероприятиям по предотвращению ввоза пчел со стороны.