Одна из крупнейших многоэтажных карстовых пещер Урала. Карстовая полость в квартале 51, выработанная в скальном массиве деятельностью речки Подземный Шульган. Пещера, в которой обнаружена наскальная живопись и культурный слой эпохи палеолита (204 рисунка и их реликтов). Спелеокомплекс имеет протяженность ходов более 3,3 км, площадь пола – 20,2 тыс. кв. м., объем – 105000 куб. м., состоит из 3 высотных уровней. Имеет натечные образования, подземные озёра. В процессе исследования описываются новые сухопутные и подводные ходы (сифоны). В пещере проходят зимовки редких рукокрылых – водяной и прудовой ночницы, обнаружены 3 эндемичных вида коллембол.
Пещера Шульган-Таш (Капова) с живописью эпохи палеолита (XV – XII тысячелетия до н.э.) – памятник археологии, объект культурного наследия федерального значения, она включена в «Глобальный реестр геологических памятников» и является геологическим памятником природы Республики Башкортостан, объектом паломничества и мифологии башкирского народа, номинант конкурса «7 чудес Башкортостана».
Государственный заповедник «Шульган-Таш» осуществляет 
круглосуточную охрану Каповой пещеры и обеспечивает её использование в научных и экскурсионных целях на основе специального Положения и в рамках ведущего научно-практического мероприятия «Охрана, исследование, регламентированное использование пещеры Шульган-Таш (Каповой) в научно-познавательных целях».
Популяризации объектов культурного наследия способствует деятельность музейно-экскурсионного комплекса (МЭК) заповедника «Шульган-Таш». Посетителям демонстрируются копии наскальных изображений, специально изготовленные в зоне переменного микроклимата пещеры (Главная галерея) в 2003 г. художниками-реставраторами Эрмитажа.
Экскурсионная деятельность осуществляется силами штатных специалистов отдела экологического просвещения и временных экскурсоводов – студентов, отбираемых по конкурсу в летнее время. Обеспечивается круглосуточная охрана Каповой пещеры силами группы государственных инспекторов охраны окружающей среды, временных инспекторов КПП в активный сезон и технических средств охраны, которые продолжают модернизироваться. На территорию МЭК подведена оптико-волоконная связь.
Посещение с научными, экскурсионными целями осуществляется с учётом научно-обоснованных норм нагрузки и специального регламента. Во избежание повреждения культурного слоя в привходовой части пещеры смонитрованы трапы, ограждения, лестницы, обзорные площадки и информационные щиты. В 2016 г. сторонними организациями начата работа по совершенствованию обустройства исследовательского маршрута в пещере в целях безопасности как для ученых, так и спелеокомплекса (монтаж вертикальной лестницы), в 2017 г. винтовая лестница сдана в эксплуатацию, в 2018 году ожидается прокладка трапов на верхние ярусы. Налажено постоянное отслеживание спелеопараметров и состояния рисунков.
В настоящее время выявлено около 204 рисунков и реликтовых пятен, установлены факторы, негативно влияющие на сохранность живописи. На основе многолетнего мониторинга микроклимата используются доступные методы оптимизации микроклимата и гидрологического режима. Налажены карстологические исследования в области питания речки Шульган, позволяющие минимизировать ущерб, наносимый карстовой системе хозяйственной деятельностью. Завершены эксперименты по проработке возможности светодиодной подсветки маршрута. Приобретён ряд приборов для спелеомониторинга, в том числе сдаваемых в безвозмездную аренду Институту биологии УНЦ РАН для изучения микробиоты пещеры.