В научном отделе заповедника «Шульган-Таш» работает 8 штатных работников, из них 1 доктор биологических наук, 2 кандидата наук, 1 – соискатель степени кандидата биологических наук.
В настоящее время коллектив заповедника работает над темами:
- Наблюдение явлений и процессов в природном комплексе заповедника и их изучение по программе «Летописи природы».
- Изучение экологии редких видов растений и животных.
- Оценка антропогенной нагрузки на природные комплексы заповедника, расчёт экологической и экономической эффективности экосистем заповедника.
- Эколого-биологические особенности (характеристики) и состояние ценопопуляций некоторых редких видов сем. Orchidaceae в биосферном резервате «Башкирский Урал».
- Комплексные исследования и инвентаризация природных объектов зоны расширения заповедника и биосферного резервата «Башкирский Урал».
- Микроклиматические исследования пещер Республики Башкортостан.
Ведущие научно-практические мероприятия:
- Бортевое пчеловодство и содержание пасек. Координация работы в биосферном резервате «Башкирский Урал.
- Охрана, исследование, регламентированное использование пещеры Шульган-Та
ш (Каповой) в научно-познавательных целях.
Научная ценность территории определяется: а) взаимопроникновением европейских и сибирских флор и фаун, контактом трех растительных провинций, высоким ландшафтным и биологическим разнообразием, определяемым, в частности, горным рельефом, развитостью карстовых процессов, наличием редких видов флоры и фауны; б) наличием историко-культурного наследия – палеолитической живописи и культурного слоя в Каповой пещере (Шульган-Таш); в) обитанием пчёл бурзянской популяции среднерусской медоносной пчелы в условиях бортевого пчеловодства и пасек; г) широким развитием карстовых процессов.
Итогом работ наблюдений становятся научные и научно-популярные книги и статьи, буклеты, памятки, газеты, брошюры. Ежегодно выпускается итоговой научный отчет – Летопись природы. Периодически обновляются рекомендации по сохранению отдельных видов редких растений и животных.
За время работы сотрудниками научного отдела была собрана коллекция редких видов насекомых, гербарий, фототека, которые ежегодно обновляются, ведутся электронные базы по картотеке наблюдений и фенологии природных комплексов.